ちょっと洒落にならないWindows8、8.1でファイル消失問題のまとめ

Windows8:XP、Vista、7でも使用している外付けHDD(USB接続)にエラーが発生する
今のところの対策

Windows8:XP、Vista、7でも使用している外付けHDD(USB接続)にエラーが発生する

http://answers.microsoft.com/ja-jp/windows/forum/windows_8-files/windows8xpvista%EF%BC%97%E3%81%A7%E3%82%82/3fc44ba8-848a-4efe-a7ba-e60161149423

ファイルが消えてしまう現象について一点気になる点として、Windows 8 の「高速スタートアップ」機能が影響していることはないでしょうか。
Windows 8 では、次回以降の起動を高速化するために、シャットダウン前の状態を一部保存した状態で終了する高速スタートアップ機能があるのですが、もしかするとこの機能により何らかの情報がディスクに書き込まれて、他の OS から見るとディスクの不整合として検出されているのかも知れません。
一時的に高速スタートアップを無効にした状態での動作について確認してみてはいかがでしょうか。